Sonic X tiene en total tres temporadas que suman 78 episodios. Estos se dividen en distintas historias según este orden:

• Episodios 001-013: Nuevo Mundo.
• Episodios 014-026: Las Esmeraldas Caos.
• Episodios 027-032: Saga de Sonic Adventure (Chaos).
• Episodios 033-038: Saga de Sonic Adventure 2 (Shadow).
• Episodios 039-046: Sonic Battle (Emerl/Gizoid).
• Episodios 047-052: Aventura Final en La Tierra.
• Episodios 053-078: Saga de Metarex